Да. Начните с одного сервиса — остальные подключайте в кабинете по мере необходимости. Агент работает с тем, что подключено, и не требует подключать всё сразу.
Многие начинают с Wildberries: сборка FBS, отзывы, поставки. Потом добавляют Ozon, почту или задачи — каждый сервис подключается отдельно и отключается так же. Ничего не сломается, если начать с одного.